Normalmente chi necessita di un trattamento Shiatsu si reca nello studio dell'operatore e viene accolto in un ambiente silenzioso, confortevole e rilassante, che facilita in qualche modo una condizione di calma e assenza di pensieri.

                
Il luogo più importante dello studio è senz'altro la zona decicata al Futon, un materassino particolare imbottito di cotone, (o di particolare materiale derivato dal cocco) usato in Oriente per molteplici situazioni di vita quotidiana. Sul futon viene fatta sdraiare la persona che riceverà il trattamento che si praticherà in questo caso a terra, o in alternativa a seconda delle esigenze soggettive, su di un lettino o sulla sedia da trattamento.

Diverse sono le posizioni che, a seconda delle necessità, possono essere fatte assumere al ricevente: sdraiato prono o supino, disteso su un fianco, a volte anche seduto con l'adeguato sostegno di speciali cuscini o supporti (vedi Nekrol). La posizione dovrà sempre essere la più confortevole e tale da assicurare la stabilità sul terreno poiché l'eventuale instabilità dell'appoggio dovrà essere velocemente equilibrata dal sostegno fornito dal corpo dell'operatore.

      
Il ricevente dovrà inizialmente togliersi le scarpe, mentre non gli verrà chiesto di spogliarsi, come avviene di solito per i massaggi, perché nello Shiatsu non è previsto di lavorare sulla pelle nuda. Gli abiti indossati potranno essere una semplice maglietta e un pantalone da tuta, meglio se in tessuto naturale di cotone. La seduta si apre quasi sempre con un breve colloquio. Inizia poi il trattamento vero e proprio durante il quale il dialogo tra operatore (chiamato in Giapponese "Tori") e ricevente (denominato "Uke") continua ad altri livelli: non si usano più le parole, ma il contatto intenso e profondo attraverso la pressione delle mani sul corpo. Il trattamento si svolge normalmente in silenzio, in modo che sia chi riceve che chi tratta possano mantenere l'attenzione su ciò che accade. L'operatore può sentire sotto le mani la realtà della situazione non solo fisica, ma anche energetica del corpo del ricevente e i suoi cambiamenti; il ricevente a sua volta può cogliere le innumerevoli sensazioni del fluire dell'energia attraverso la percezione in momenti diversi di zone del corpo calde e certe altre fredde.

                
Lo Shiatsu diventa così un autentico colloquio non verbale tra operatore e ricevente, un colloquio che va ad instaurarsi su svariati piani di percezione.

L'operatore eseguirà il trattamento attraverso delle sequenze dette "Kata", che sono una delle caratteristiche fondamentali dello Shiatsu; le pressioni dovranno possedere la giusta perpendicolarità, costanza, assenza di sforzo muscolare e ascolto. Il trattamento riguarda tutto il corpo, addome, dorso, gli arti e il capo. Al termine il ricevente rimarrà ancora alcuni minuti sdraiato in totale rilassamento per permettere allo Shiatsu di continuare la sua azione dentro di lui, mentre gradualmente riprende contatto con la realtà circostante. Possono seguire alcune domande, precisazioni e chiarimenti tra i due soggetti che hanno fatto Shiatsu insieme.

I trattamenti da effettuare dipendono dal tipo di disturbo da affrontare.

In genere:

- Dura da 45 a 60 minuti;
- Per problemi acuti bastano 3 - 4 sedute;
- Per problemi cronici, necessitano almeno 10 trattamenti.